MAN Insan Cendekia adalah model satuan pendidikan jenjang menengah yang memadukan Pendidikan Agama Islam (PAI) dengan pengayaan pada bidang ilmu pengetahuan dan teknologi sebagai ciri khas utamanya. Keunggulan MAN Insan Cendekia dibanding madrasah lainnya adalah: Pertama, pengembangan kurikulum dan pembelajaran mengacu pada standar mutu di atas standar nasional pendidikan dan berbasi keunggulan lokal; kedua, dikelola berbasis Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK), dengan dukungan pendidik dan tenaga kependidikannya memenuhi kualifikasi yang disyaratkan; ketiga, fasilitas pembelajaran yang tersedia memenuhi persyaratan kesehatan, keselamatan, kenyamanan, dan keamanan; keempat, peserta didik wajib tinggal di asrama (asrama Insan Cendekia) yang dikelola secara profesional; kelima, mewajibkan peserta didik berkomunikasi sehari-hari di lingkungan madrasah dengan menggunakan bahasa Indonesia, Inggris, dan Arab.

Kehadiran MAN Insan Cendekia diharapkan mampu memadukan sains – teknologi dan ilmu agama Islam (tafaqquh fiddin) yang bertumpu pada tiga peradaban (hadlarah) yaitu peradaban teks atau kitab (hadlaratun-nash), peradaban ilmu (hadlaratun-ilmi), dan peradaban filsafat (hadlaratun-falsafah). Dengan keterpaduan tersebut, MAN Insan Cendekia diharapkan menjadi pelopor upaya menghilangkan dikotomi ilmu pengetahuan dan teknologi yang selama ini terjadi dalam pendidikan Islam di Indonesia. MAN Insan Cendekia menempatkan etika Islam yang bersumber pada nilai-nilai universal Al-Qur’an dan Al Hadis untuk menjiwai seluruh bidang keilmuan yang diajarkan. Islam mengembangkan ilmu yang bersifat universal dan tidak mengenal dikotomi, antara ilmu-ilmu qauliyyah (hadlaratun-nash) yaitu ilmu-ilmu yang berkaitan dengan teks keagamaan, seperti Al-Quran dan Hadis, Aqidah Akhlak, Fiqih, dengan ilmu-ilmu kauniyah-ijtima’iyah (hadlaratun-ilmi), yaitu ilmu-ilmu empiris kemasyaratan, seperti sejarah, sosiologi, anthropologi, ekonomi, dan juga dengan ilmu-ilmu filsafat (hadlaratun-falsasah). Ketiga wilayah keilmuan tersebut dikaji secara mendalam dan terpadu.

Pengkajian dan pendalaman keilmuan berangkat dari paradigma humanistik-etis dengan dukungan strategi yang terpadu. Ilmu-ilmu yang akan diajarkan di MAN Insan Cendekia jika didasarkan pada nomenklatur keilmuan yang telah ada pada standar isi, terdiri atas ilmu humaniora (bahasa, sejarah umum dan kebudayaan Islam, demografi), ilmu sosial (sosiologi, ekonomi, geografi sosial), dan ilmu alam (fisika, kimia, biologi, geografi fisik), yang kajian-kajiannya dipadukan dengan ilmu Al-Quran dan Al Hadis.

Pengkajian dilakukan secara kreatif dan hermeneutik sehingga dapat diinterpretasi secara terus menerus seiring dengan perkembangan zaman. Nilai-nilai universal yang terkandung dalam Al-Quran dan Hadis menjadi pijakan dan pandangan hidup (view of life) yang menyatu dalam satu tarikan nafas keilmuan dan keagamaan yang diabdikan bagi kemaslahatan umat manusia. Keterpaduan keilmuan ini akan diwujudkan dan dikembangkan dalam pembelajaran di dalam kelas dan aktivitas di luar kelas.

Keterpaduan ketiga bidang peradaban (hadlarah) ini diharapkan dapat melahirkan lulusan MAN Insan Cendekia yang kuat akidah dan pengetahuan keagamaanya (tafaqquh fiddin), luas dan dalam pemikirannya, serta menguasai kompetensi yang ditetapkan. Pada gilirannya lulusan MAN Insan Cendekia dapat diterima di perguruan-perguruan tinggi terkemuka, baik di dalam maupun di luar negeri dan bermanfaat bagi kehidupan di masyarakat.