MAN Insan Cendekia OKI menggunakan kurikulum Kementerian Pendidikan Nasional (SMA) dan Kurikulum Kementerian Agama (MA) yang diperkaya dengan visi misi madrasah menggunakan kurikulum 2013. Artinya, struktur program kurikulum diperkaya dengan penguasaan basic knowledge of science technology (program pemantapan IPTEK) dan peningkatan kualitas IMTAK. Untuk itu, dilakukan penambahan jam tatap muka untuk bidang-bidang MAFIKIBI (Matematika, Fisika, Kimia dan Biologi), Pendidikan Agama Islam, Bahasa Inggris dan Bahasa Arab. Program penunjang kurikulum didesain sedemikian rupa untuk mempersiapkan para siswa tuntas dalam belajar dan membantu siswa siap menghadapi Ujian Nasional, Ujian masuk Perguruan Tinggi baik didalam maupun diluar negeri. Program kesulitan belajar, program pengayaan berupa club Study lapangan terpadu bagi seluruh siswa, bimbingan intensif (UN dan SPMB). Selain itu, dikembangkan juga kurikulum tersembunyi (hidden curiculum) dalam program pembinaan dan pembiasaan hidup dengan nilai-nilai islami, pengembangan diri dan pendidikan kecakapan hidup (leadership life skill).
