a. Matrikulasi Peserta Didik Baru
Program matrikulasi bertujuan untuk menyetarakan kemampuan dasar peserta didik sebelum dimulai proses pembelajaran sesuai kurikulum di MAN Insan Cendekia. Hal ini perlu mengingat asa peserta didik yang diterima di MAN Insan Cendekia berasal dari latar madrasah/ sekolah dengan kondisi yang berbeda-beda.
b. Responsi dan Klinik Pembelajaran
Dalam rangka penguatan konsep dasar penguasaan IPTEK (basic knowledge of science and technology) dan kemampuan berbahasa peserta didik, diadakan program esponsi yaitu penambahan jam pelajaran untuk mata pelajaran Matematika, Fisika, Kimia, Biologi, Bahasa Inggris, dan Bahasa Arab. Sedangkan klinik pembelajaran merupakan kegiatan layanan individual yang diperuntukkan bagi peserta didik yang mengalamai hambatan dalam menguasai materi pelajaran. Layanan Klinik Pembelajaran dilaksanakan di luar jam kerja madrasah.
c. Tutorial
Program tutorial adalah rancangan pengajaran tambahan oleh pendidik kepada satu atau lebih peserta didik di asrama.
d. Program Khusus Persiapan Olimpiade
Salah satu program unggulan MAN Insan Cendekia adalah pembinaan khusus persiapan olimpiade sains dan olimpiade ilmu sosial. Program ini diperuntukkan bagi siswa yang memiliki kecerdasan istimewa serta minat yang tinggi untuk mengikuti lomba di bidang sains dan ilmu sosial. Pembinaan dilakukan secara serius dan terprogram sejak peserta didik berada di kelas X, agar peserta didik selalu siap dan memperoleh hasil yag baik.
