MAN Insan Cendekia sebagai lembaga pendidikan independen memiliki logo khusus berupa gambar kaligrafi kata “Insan” dalam bentuk segi delapan dengan dililit elips sebagai orbit tata surya dan kata “Insan Cendekia” dalam huruf kapital.

Pengertian secara menyeluruh adalah MAN Insan Cendekia bercita-cita menjadi madrasah berkualitas, dinamis, dan kreatif dalam berkarya, dan dapat menjadi contoh bagi lembaga pendidikan Islam.

Makna logo sebagai berikut:

1. Arabesque: lambang seni kejayaan budaya Islam dalam khazanah peradaban Islam maupun dunia.
2. Simetrisitas: ciri khas makluk ciptaan Allah yang senantiasa menjadikan segala aspek kehidupan serasi, selaras, dan seimbang.
3. Kaligrafi Kufi: otentisitas keislaman dalam khazanah kaligrafi islam yang mencirikan kekuatan dan kemantapan. INSAN sebagai representasi MAN INSAN CENDEKIA
4. Warna Biru Langit: semangat warga madrasah dalam menuntut ilmu setinggi langit.
5. Biru laut: semangat warga madrasah dalam menuntut ilmu sedalam lautan.
6. Orbit: melambangkan kedinamisan MAN Insan Cendekia dalam berkarya, juga bermakna MAN Insan Cendekia yang bercita-cita mendunia.
7. Planet: mengelilingi kaligrafi “insan” bermakna MAN Insan Cendekia menjadi pusat keunggulan (Center of Excellence) bagi madrasah atau sekolah lain.